تعد اليونسكو واحدة من الوكالات المتخصصة في منظومة الأمم المتحدة، شأنها شأن 14 وكالة تتشارك في مهمة واسعة.

ويهدف الكثير من عمل الأمم المتحدة لتحسين الظروف الاقتصادية والاجتماعية للشعوب في أنحاء العالم، وتنفذه في الغالب الصناديق والبرامج والوكالات المتخصصة.

ووفقا للمادتين 57 و63 من ميثاق الأمم المتحدة، تعد الوكالات المتخصّصة منظمات دولية حكومية مستقلّة  "تضطلع بمسؤوليات دولية واسعة  [...] في المجالات الاقتصادية والاجتماعية والثقافية والتعليمية والصحية وما يتصل بذلك" والتي تُربَط بالأمم المتحدة من خلال اتفاقيات توقع مع المجلس الإقتصادي والإجتماعي.

وقد وقّعت اليونسكو إتفاقات ومذكرات تفاهم مع 16 منظمة بهدف تعزيز تعاونها مع منظمات منظومة الأمم المتحدة وتنفيذ هذا التعاون.

تعاون على المستوى الدولي الحكومي

للوكالات المتخصصة عضويتها وهيئاتها التشريعية والتنفيذية وأماناتها وميزانياتها، وتتعاون مع الأمم المتحدة، كما يتعاون كل منها مع الأخرى على المستوى الدولي الحكومي من خلال المجلس الإقتصادي والإجتماعي الذي ترفع إليه التقارير بانتظام.

 هيئة التنسيق بين الأمانات

تضطلع الوكالات المتخصّصة بمسؤوليات واسعة في المجال الإقتصادي والاجتماعي والثقافي والتعليمي والصحي ومايتعلق بذلك من شؤون إلى حد استدعى إنشاء هيئة تنسيق بين الأمانات لتفادي الإزدواجية، وأدى ذلك إلى تأمين توافق الأنشطة والبرامج وتناسقها. إنّ تلك الهيئة هي مجلس الرؤساء التنفيذيين لمنظومة الأمم المتحدة المعني بالتنسيق.