أصبحت اليونسكو منذ عام 1946، إحدى الوكالات المتخصصة في الأمم المتحدة ويربطها بالأمم المتحدة اتفاق خاص يحدّد العلاقات بين المنظمتَين.

الاتفاق بين الأمم المتحدة واليونسكو:

·       تمثيل متبادل في اجتماعات الهيئات الرئاسية. وتتم دعوة الأمم المتحدة لحضور دورات المؤتمر العام والمجلس التنفيذي في اليونسكو كما تُدعا اليونسكو لحضور إجتماعات المجلس الاقتصادي والاجتماعي و الجمعية العامة التابعة للأمم المتحدة؛

·       إقتراح البنود على جدول أعمال الهيئات الرئاسية الأخرى لكل منهما؛

·        تطبيق التوصيات التي ترفعها الأمم المتحدة إلى اليونسكو بشأن قضايا تتصل بمجالات اختصاصها ورفع تقارير ملأئمه؛

·       تبادل المعلومات والوثائق حول مبادرات سياسية وتطورات في مجالات اختصاص كل من المنظمتين ورفع التقارير المطلوبه في الجمعية العامة والمجلس الإقتصادي والإجتماعي وهيئاتها الفرعية؛

·       تزويد المجلس الإقتصادي والإجتماعي بمعلومات حول طبيعة أي اتفاق رسمي مع أية وكالة متخصصة أخرى أو منظمة دولية حكومية أو غير حكومية وعن المدى الذي يغطيه الإتفاق، وذلك قبل توقيع ذلك الاتفاق.

 وتشارك اليونسكو في معظم الإجتماعات التي تعقدها الأمم المتحدة، لا سيما دورات الجمعية العامة والمجلس الإقتصادي والإجتماعي والهيئات المتفرعة عنهما. ولذلك، يتمّ إطلاع المؤتمر العام والمجلس التنفيذي في اليونسكو على قرارات الأمم المتحدة وأنشطتها المتعلقه بعمل اليونسكو. كما يتم بالمقابل باطلاع الجمعية العامة والمجلس الإقتصادي والإجتماعي على قرارات الهيئتين الرئاسيتين في اليونسكو.