UNESCO üç əsas işci orqandan ibarətdir:

• Baş Konfrans UNESCO-nun hər iki ildə bir dəfə toplaşan ali orqanıdır. Baş konfrans hər üzv–dövlətə bir səs prinsipinə əsasən təşkilatın ümumi fəaliyyət istiqamətlərini müəyyən edir, iki illik proqram və büdcəni təsdiq edir.
• İcra Şurası UNESCO-nun 58 üzv-dövlətin nümayəndələrindən ibarət əsas idarəedici orqanıdır. O, ildə iki dəfə toplaşır və Baş Konfransın işini hazırlayır, onun qərarlarının effektiv həyata keçirilməsinə məsuliyyət daşiyır.
• Katiblik Təşkilatın icraedici qoludur. Onun heyəti 6 il müddətində seçilmiş Baş Direktorun rəhbərliyi altında üzv-dövlətlər tərəfindən qəbul edilmiş proqramları həyata keçirir.

     173 üzv-dövlət Parisdə Təşkilatın yanında öz daimi nümayəndəliklərini yaratmışlar.