بادر المدير العام (فيديريكو مايور) بإنشاء برنامج اليونسكو المتوسطي وافتتحه في عام 1994م.  وعلى مدى سنوات عدة، منحت اليونسكو تمويلات في إطار هذا البرنامج لتنفيذ مشروعات استثمارية في منطقة البحر المتوسط.  وكان الهدف الرئيسي للبرنامج هو تنمية الحوار بين الثقافات والحضارات في منطقة البحر المتوسط من أجل تعزيز ثقافة السلام، ويتم ذلك بشكل خاص من خلال إنشاء شبكات للتوعية الفكرية بمشاركة الجهات المعنية الجديدة.  وفي وقت لاحق، تولى قطاع الثقافة الإشراف على هذا البرنامج وبعدها تحولت المخصصات المالية لمكتب القاهرة.  وعلى الرغم من أن إطار عمل البرنامج يتخطى نطاق مصر، فإن معظم الأنشطة الحالية للبرنامج تنفذ في مصر مما يمنحها دوراً ريادياً.