En 1996, le Département Afrique s'est vu confier le mandat de « coordonner l'ensemble de la coopération de l'UNESCO avec les États membres africains, les organisations intergouvernementales africaines, les ONG ainsi qu’avec et les partenaires bilatéraux et multilatéraux qui mettent en œuvre des programmes similaires ou connexes à ceux de l'UNESCO ». Il est en charge de la liaison, de la coordination et de la mobilisation nécessaire au sein du Secrétariat pour faire en sorte que la priorité assignée à la région africaine soit reflétée dans tous les programmes ». Ce mandat a été confirmé et renforcé.

Le Département Afrique veille à ce que les principaux programmes utilisent des analyses et des études prospectives à jour, leur permettant d'atteindre des résultats et d'avoir un impact sur le terrain. Le Département Afrique assure également les contributions de l'Afrique aux rapports mondiaux préparés par l'Organisation. De même, le Département Afrique et les bureaux hors-siège travaillent avec les partenaires sur le terrain, les chaires UNESCO et les centres de catégorie 2 afin de mobiliser davantage les ressources humaines et institutionnelles.

En ce qui concerne la coordination et le renforcement de la coopération avec les États membres, les Organisations Intergouvernementales africaines (OIG) et les ONG ainsi que les partenaires bilatéraux et multilatéraux, le Département Afrique veille à ce que toutes les délégations permanentes, en particulier celles qui représentent les États africains, soient régulièrement consultées et informées des changements et des développements en Afrique au travers d’analyses et d’études prospectives, y compris les nouveaux défis à relever. Il collabore étroitement avec les bureaux hors-siège, en particulier pour la collecte et l'analyse de données sur l'Afrique, l'identification de nouveaux besoins et le rapprochement avec les institutions spécialisées, les gouvernements et leurs partenaires, le secteur privé et la société civile.

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