Les archéologues subaquatiques doivent être les premiers à visiter des sites historiques submergés pour les étudier et pour assurer leur préservation. Les sites ne devraient pas être laissés aux récupérations non contrôlées, au pillage et aux dommages. Malheureusement, les épaves de la Première Guerre mondiale ont précisément été l’objet, depuis leur immersion, d’interventions indésirables.

La mise en pièce des nombreuses épaves de navires en métal a considérablement endommagé les navires. L’Indefatigable et plusieurs autres navires connus qui ont coulé à la bataille du Jutland, ont par exemple systématiquement été déchiquetés pour en extraire des métaux non ferreux. Certaines de leurs parties en bronze ont été vendues sur les quais du port danois Esbjerg à partir de 1958. Un cas similaire s’est déroulé avec les 26 sous-marins allemands « U-boot » qui se sont rendus à la marine britannique à la fin de la guerre et ont été amenés à Kent, au Royaume-Uni. Ils ont été refourgués ou sabordés dans la crique de Medway. Après la guerre, une compagnie de ferraillerie a acheté les bateaux et a récupéré leurs moteurs pour les vendre. Des 26 sous-marins U-boote, seuls trois ont subsisté jusqu’à aujourd’hui. 23 des 26 sous-marins ont déjà disparus.

D’autres épaves historiques ont été victimes d’entreprises commerciales cherchant à récupérer des cargaisons potentiellement de grande valeur. Le SS Mantola, par exemple, était un bateau de passagers à vapeur appartenant à la compagnie de navigation à vapeur des Indes britanniques. Il a été coulé par un sous-marin allemand en 1917 et aurait transporté alors une large quantité d’argent. Comme le site de l’épave n’a pas encore été désigné comme un site protégé, le ministère des transports britannique a offert un contrat de récupération à la compagnie qui a découvert l’épave. L’entreprise commerciale pourra possiblement conserver 80% de la valeur de ce qui est récupéré. L’épave historique sera cependant détruite qu’elle contienne ou non un trésor.

Les dégâts du pillage ou des destructions délibérées ont aussi affecté l’épave du Lusitania, très importante historiquement. Le navire, considéré comme le second le plus célèbre après le Titanic, a été très gravement endommagé par des grenades sous-marines. Sa proue montre de nombreux impacts causés soit par des tirs sur cible de la marine irlandaise pendant la Seconde Guerre mondiale, soit par la marine britannique tentant de détruire des preuves de la présence illégale de munitions dans la soute, ce qui aurait prouvé que le navire était une cible militaire légale lorsqu’il a été coulé. D’autres dommages ont également été causés par la récupération de trois des quatre hélices en 1982. Un plongeur qui se trouvait à proximité de l’épave dans les années 1990, a rapporté que l’épave était comme du « gruyère suisse » et que les fonds marins environnants étaient « jalonnés de mines non explosées ». De plus, en 1982, divers objets de la cargaison mythique de l’épave ont été récupérés et ramenés au Royaume-Uni, déclenchant une bataille juridique qui a abouti au déni de la protection de l’épave.

Enfin, les épaves sont également menacées par le passage du temps, et la construction de stalactites de rouille et d’autres formations du même type causées par un processus de corrosion dû à une bactérie.