Además de las contrapartes nacionales y organismos de las Naciones Unidas participantes en el WWAP, diversos grupos y organizaciones nacionales, internacionales y regionales del mundo entero se han afiliado al Programa. Estas entidades afiliadas trabajan conjuntamente con el WWAP, a diferentes niveles, para alcanzar objetivos comunes mediante el intercambio de información y de conocimientos prácticos y teóricos con el fin de complementarse mutuamente y abarcar una amplia variedad de asuntos relacionados con los recursos hídricos. A continuación se incluye la lista de grupos y organizaciones actualmente afiliadas al WWAP:

Alianza para el Monitoreo de los Recursos Hídricos
Asociación Internacional de Ciencias Hidrológicas (AICH)
Asociación Internacional de Hidrogeólogos (AIH)
Asociación Internacional del Agua (IWA)
Asociación Mundial del Agua (GWP)
Comisión Internacional de Riegos y Drenajes (ICID)
Consejo Mundial del Agua (CMA)
Convención de Ramsar sobre los Humedales
Iniciativa Internacional sobre Sedimentación (ISI)
Iniciativa de la Unión Europea para el Agua (EUWI)
Instituto Internacional para el Manejo del Agua (IWMI)
Internacional de Servicios Públicos (ISP)
Programa Internacional de Investigación y Tecnología de Riego y Drenaje (IPTRID)
Unión Mundial para la Naturaleza (UICN)