Outre les partenaires ONU et les partenaires nationaux, le WWAP est également affilié à un ensemble varié de groupes et d'organisations nationaux, internationaux et régionaux du monde entier. Ces affiliés oeuvrent de concert avec le WWAP, à différents niveaux, à la réalisation d'objectifs communs. Par le partage des informations, des connaissances et des savoir-faire, ils cherchent à se compléter mutuellement et à couvrir le large éventail des questions liées aux ressources en eau. Voici la liste des groupes et organisations auxquels le WWAP est affilié :

Alliance pour un mécanisme mondial d'observation sur l'eau
Association internationale de l'eau (AIE)
Association internationale des hydrogéologues (AIH)
Association internationale des sciences hydrologiques (AISH)
Commission internationale des irrigations et du drainage (CIID)
Conseil mondial de l'eau (CME)
Convention de Ramsar sur les zones humides
Initiative internationale relative à la sédimentation (ISI)
Initiative de l'Union européenne sur l'eau (EUWI)
Institut international de gestion des ressources en eau (IWMI)
Internationale des Services Publics (ISP)
Partenariat mondial de l'eau (GWP)
Programme international pour la technologie et la recherche sur l'irrigation et le drainage (PIRTID)
Union internationale pour la conservation de la nature et des ressources naturelles (UICN)