À l'intérieur de l'île de Yaku, Yakushima est situé à l'interface des régions biologiques paléarctique et orientale et possède une flore très riche (1 900 espèces et sous-espèces), qui comprend de très anciens spécimens de sugi , ou cèdre japonais. Le site contient également un vestige de l'ancienne forêt tempérée chaude, unique dans la région.

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